Systematika vyšších rostlin
Systematika je zpravidla chápána jako věda o diverzitě organizmů – o jejich variabilitě, jejích příčinách a o vztazích mezi skupinami organizmů. O třídění organizmů se lidé pokoušeli odedávna, ať již z příčin čistě praktických, tak za účelem obecného poznání. V každém období systematika odrážela představu o vzniku organizmů. Od dob Darwina je snahou všech systematiků sestavit takový systém organizmů, který by se co nejvíce blížil skutečnému průběhu evoluce. Bouřlivý rozvoj molekulárních i paleontologických metod a kladistická metodika vytváření fylogenetických stromů v posledních letech zásadním způsobem ovlivnila současný pohled na diverzitu vyšších rostlin a vzájemné vztahy jednotlivých skupin.
Jako rostliny jsou dnes obvykle označovány zelené řasy a vyšší rostliny. Tato skupiny je někdy označována Streptobionta. Jejich společnými znaky je vedle molekulárních charakteristik především přítomnost chlorofylu a a b, tvorba celulózních buněčných stěn a využití pravého škrobu jako zásobní látky. Dnes se většina autorů shoduje v tom, že nejbližší příbuzné vyšším rostlinám je třeba hledat v zelených řasách ze skupiny Charophyceae (parožnatky). Často se v této souvislosti mluví o rodu Coleochaete, avšak objevují se i jiní kandidáti na nejbližší žijící příbuzné vyšších rostlin. Kromě molekulárních znaků spojuje vyšší rostliny s parožnatkami průběh mitózy (vytváření fragmoplastu) a anatomie bází bičíků u spermatozoidů a několik biochemických vlastností (např. nahrazení enzymu glykolát dehydrogenáza glykolát oxydázou).
Vlastní vyšší rostliny jsou tradičně členěny na mechorosty a cévnaté rostliny. Mechorosty se však dnes jeví jako nemonofyletická skupina, která sdružuje 3 samostatné linie – Bryophyta (mechy), Anthocerophyta (hlevíky) a Marchantiophyta (játrovky) z nichž jsou zřejmě mechy nejpříbuznější cévnatým rostlinám, zatímco játrovky by mohly být samostatnou bazální vývojovou linií.
Za předky vlastních cévnatých rostlin lze považovat rhyniové rostliny, které podle současných paleobotanických výzkumů byly značně diverzifikovanou skupinou prvních suchozemských rostlin a netvoří monofyletickou skupinu.
Vlastní cévnaté rostliny jsou tradičně podle organizační úrovně členěny na kapraďorosty, nahosemenné a krytosemenné rostliny. Z pohledu současné systematiky lze však považovat za monofyletickou skupinu pouze krytosemenné rostliny. Evoluce cévnatých rostlin se totiž ubírala dvěma směry. Zcela samostatně se vyvíjela skupina Lycopodiophyta (plavuně). Druhá vývojová linie, která zahrnuje veškeré ostatní recentní rostliny, je někdy označována Euphyllophyta. Bazální část této skupiny je tvořena kapradinami (Polypodiophyta), ke kterým se dnes často přiřazují i přesličky (Equisetophyta) a tyto dvě skupiny tvoří monofyletickou skupinu nově označovanou jako Monilophyta. Vznik semenných rostlin (Spermatophyta) je zřejmě třeba hledat ve skupině předsemenných rostlin „Progymnospermae“ a jejich první zástupci jsou obvykle sdružováni do oddělení Lyginopteridophyta. Hlavními samostatnými liniemi nahosemenných rostlin jsou jehličnany (Pinophyta) a cykasy (Cycadophyta). V recentní flóře jsou mnohem méně zastoupeny jinany (Ginkgophyta) a liánovce (Gnetophyta). Krytosemenné rostliny (Magnoliophyta) jsou nejmladší, avšak v recentní flóře jednoznačně převažující skupinou cévnatých rostlin.