Pracovní skupina funkční ekologie rostlin pod vedením Jana Lepše (Šuspy) se zabývá mechanismy, které určují fungování rostlinných společenstev. Pracujeme převážně v lučních a obecně travinných společenstvech. Jedním z důvodů pro tento výběr je skutečnost, že si myslíme, že odhalit nějaký mechanismus znamená provádět experimenty (a experimentem myslíme opravdový manipulativní experiment). A provádět manipulativní experiment v lesním společenstvu je jednoduše nad naše možnosti.

Velká pozornost je věnována druhové diverzitě, a to jednak mechanismům, které koexistenci druhů v lučním společenstvu umožňují, a dále otázce, zda je fungování ekosystémů podmíněno jejich druhovou diverzitou. První otázka se řeší především v dlouhodobém projektu "Ohrazení", druhá byla řešena především v rámci evropského projektu CLUE, a její řešení pokračuje v rámci dalšího evropského projektu, TLinks, kde dále studujeme vliv lokálních odlišnosti populací na to, jak se druhy ve společenstvu chovají.

Na těchto projektech byla vypracována řada studentských prací (bakalářské, magisterské, doktorské), a další témata čekají. Jak vidíte, značnou pozornost věnujeme biologii jednotlivých druhů. Druhy totiž nejsou černé skřínky, ale každý druh má specifickou strategii, jak se vyrovnat s vlivem konkurentů, či jak přežít nepříznivé období. Jaké charakteristiky druhů jsou důležité pro přežití v měnící se krajině studujeme v evropském projektu VISTA.

Jako velmi slibné téma výzkumu se nám jeví ekologie poloparazitických rostlin. Doposud byly zkoumány jednak všivce (Pedicularis sylvatica, Pedicularis palustris), nově nás zajímají také kokrhele. U těchto rostlin je zajímavé, že zatímco pod zemí jsou na svém hostiteli závislé, nad zemí si s ním (někdy velmi tvrdě) konkurují. Navíc se zdá, že je tyto rostliny možné využít i ke změně kompetičních rovnováh mezi hostiteli.

Všechen biologický materiál je velmi variabilní. Data získaná v ekologických studiích jsou samozřejmě náhodnou variabilitou zatížena také. Proto se snažíme, abychom tuto variabilitu byli schopní dobře analyzovat, a proto se snažíme umět správně používat statistické metody.